1986年获得荣誉：

   被中国环境监测总站评为全国三年水质监测质控考核成绩优秀单位；

1997年获得荣誉：

   被国家环境保护局评为全国环境保护系统先进监测站；

1999年获得荣誉：

   被浙江省环境保护局评为“浙江省排污申报登记先进集体”；

2000年获得荣誉：

   中心党支部被中国共产党浙江省环境保护局机关委员会评为“1999-2000年优秀党支部”；

   中心浙江省环境保护相关产业调查办公室被浙江省环境保护局评为“2000年环境保护相关产业调查工作先进集体”；

   中心咨询服务部被浙江省科学技术协会评为1999-2000年度科技咨询先进集体；

2002年获得荣誉：

   被国家环境保护总局评为“九·五”期间全国先进环境监测站；

   被浙江省人事厅、浙江省环境保护局评为“九·五”期间全省环保系统先进集体；

   被浙江省环境保护局评为“2002年度考核先进集体”；

   中心党总支被中国共产党浙江省环境保护局机关委员会评为“2001-2002年度先进基层党组织”；

2003年获得荣誉：

   被中国环境监测总站评为2003年度全国“菜篮子”种植基地、主要污灌区和有机食品生产基地环境调查监测工作表现突出集体；

   被中国环境监测总站评为2003年度全国酸雨普查工作表现突出集体；

   被浙江省环境保护局评为“2003年度全省环保系统政务信息工作先进单位”；

2004年获得荣誉：

   被浙江省直属机关工会工作委员会评为先进职工之家；

   中心咨询服务部被浙江省科学技术协会评为2003-2004年度科技咨询先进集体；

2005年获得荣誉：

   中心承担的《浙江省生态功能区划研究》获得浙江省环境保护科学技术一等奖；

   中心承担的《浙江省有机食品的产业发展规划研究》获得浙江省环境保护科学技术二等奖；

   被浙江省环境保护局评为“2005年度考核先进集体”；

2006年获得荣誉：

   中心承担的《浙江省生态环境现状调查与对策研究》获得浙江省环境保护科学技术一等奖；

   中心承担的《浙江省重要生态功能保护区建设规划研究》获得浙江省环境保护科学技术二等奖；

   中心承担的《浙江省农产品产地环境质量安全标准研究》获得浙江省环境保护科学技术三等奖；

   中心咨询服务部被浙江省科学技术协会评为2005-2006年度科技咨询先进集体；

2007年获得荣誉：

   被浙江省环境保护局评为全省生态环境功能区规划编制工作先进集体；

   被浙江省环境保护局评为“2007年度全省环保系统政务信息工作先进单位”；

   中心承担的《典型区域土壤环境质量状况探查研究》获得环境保护部科学技术二等奖；

   中心承担的《浙江省农业地质环境调查报告》获得国土资源科学技术二等奖；

2008年获得荣誉：

   被中共浙江省直属机关工作委员会评为支援抗震救灾先进基层党组织；

   孙晓慧被中国环境监测总站评为“全国环保系统抗震救灾先进个人”；

2009年获得荣誉：

   被中国环境监测总站评为“2008年度全国环境监测系统政务信息工作先进单位”；

   中心承担的《基于排放绩效的电力行业SO2污染控制政策研究》获得环境保护部科学技术二等奖；

   中心承担的《杭嘉湖地区水环境容量与污染物总量控制研究》获得环境保护部科学技术三等奖；

   中心承担的《浙江省水功能区水环境功能区划分研究》获得浙江省环境保护科学技术一等奖；

   陈渊同志被中国环境监测总站评为“全国环境监测业务信息工作先进个人”；

2010年获得荣誉：

   被中国环境监测总站评为“全国环境监测系统业务信息工作先进集体”；

   被浙江省环境保护厅评为“2009年度考核先进集体”；

2011年获得荣誉：

   被人社部、环境保护部评为“全国环境保护系统先进集体”；

   被浙江省环境保护厅评为“2011年度考核先进集体”；

2013年获得荣誉：

   被中国环境监测总站评为“2012年国家环境空气质量监测网建设联网工作先进集体”；

   中心承担的《浙江省饮用水源典型有机毒物复合污染特征、来源分析及健康风险研究》获得浙江省科学技术进步三等奖。